明宪宗年间,宦官弄权,滥杀贤臣。侠客赵怀安(李连杰 饰)在营救忠良行动中,将恶贯满盈的东厂主万喻楼(刘家辉 饰)一剑毙命,引来西厂督主雨化田(陈坤 饰),祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门,消失于铺天盖地的黑沙暴中。尘消风散后,西厂密探、番邦公主(桂纶镁 饰) 的鞑靼商队等江湖各路人马,再度投宿于龙门客栈这家大漠黑店。三年前曾毁于大火的龙门客栈里,当年风骚的老板娘早已神秘失踪,只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶,痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈,再次因缘际会地风起云涌;神密驻客风里刀(陈坤 饰)的容貌,为何与雨化田如此相似?对客栈密道了如指掌的吹笛女子凌雁秋(周迅 饰),又是何许人也?就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际,地平线突刮起数条龙卷奇风,赵怀安横空飞出,欲与雨化田一决生死。大漠风烟间,一场天地变色的正邪之战,即将展开。